בהיסטוריה של יפן, המונח "שוֹגוּן" (ביפנית: 将軍) מתאר את משרת השליט בפועל של המדינה במרבית הזמן בין השנים 1192 ל-1868. פירוש המילה שוגון ביפנית הוא: גנרל, ומשמעות המונח המלא "סאי-טאישוגון" (征夷大将軍) הינה: "גנרליסימו (גנרל על) שהתגבר על הברברים". [ביפנית של ימינו, המונח "שוגון", עדיין מציין דרגה גבוהה בצבא היפני]. השוגון היה לרוב שליט צבאי, אשר שלט במדינה במקביל לשלטון הקיסר, שלרוב היה דמות ייצוגית בלבד.

המונח "באקוּפוּ" (幕府; מילולית: ממשלת אוהלים) הוא שמה של המפקדה המנהלית או הממשלה של השוגון. לרוב מכונה הבאקופו בשפות המערב "שוגונות".

תקופת השלטון של השוגונים ביפן החלה עם תחילתה של תקופת קאמאקורה, אז ניכסה לעצמה שוגונות קאמאקורה את מרבית הסמכויות השלטוניות שהיו עד לאותו הזמן בידי החצר הקיסרית. אולם מושג השוגון היפני קיבל משנה תוקף בתקופת טוקוגאווה – מאתיים וחמישים שנים של יציבות יחסית ובעיקר הסתגרות.

השוגון האחרון סיים את תפקידו בשנת 1868 עם ביצוע הרסטורציה של הקיסר מייג'י – רפורמה ענפה שפתחה את יפן למערב והייתה תחילתה של הפיכת המדינה למדינה מודרנית.

בממשל ובמינהל של משטר הבאקופו של טוקוגאווה, שולבו יחד יסודות של דה צנטרליזציה ושל תקיפות ריכוזית. ממשלת יפן בתקופה זו היתה מורכבת משלושה יסודות:

א.                        הקיסר שישב בקיוטו.

ב.                        השוגון שישב באדו ושמשפחתו שלטה ישירות בכ-20% משטחה של הארץ.

ג.                         מהדמאיו . כ-250 תקיפים מקומיים, שביניהם חולק השטח ושמשלו כל אחד באזור (האן) שלו.

מנהל השוגונאט היה מורכב מנאמני טוקוגאווה (האטמוטו) ומהווסלים הכפופים במישרין למרותו של בית טוקוגאווה (גוקנין); הללו נשאו במשרות בממשלה המרכזית, וכן באחוזת טוקוגאווה.

למרות היווסדות השוגונות, הקיסר בקיוטו עדיין היה שליט פורמאלי יפן. משימת ניהול המדינה הועברה לידי שוגונות טוקוגאווה על ידי החצר הקיסרית, והוחזרה אליה עם הרסטורציה של מייג'י. השוגונות מינתה נציג בקיוטו, שהיה אחראי על ענייני הקיסר, החצר והאצולה.

אייאסו התייחס בכבוד גדול לקיסר ונתן לו נחלה גדולה, אך עם זאת הגביל אותו מאוד. תפקידו היה הענקת תארים, ביצוע טקסים דתיים והכרזה על שמות התקופה (גם זה על פי עצת השוגון). כך הפיקה שושלת טוקוגאווה את הלגיטימציה לשלטונה ממוסד הקיסרות, מבלי ליטול אותו לעצמה ומבלי לאפשר לאחרים גישה חופשית אליו.

השוגון שלט ביד קשה אבל הוא לא ביטל את המשטר הפיאודלי. השיטה הפיאודלית בתקופת אדו נקראה בקוהאן טאיסיי (bakuhan taisei 幕藩体制). "באקו" (אוהל) הגיע מקיצור המילה באקופו (שלטון צבאי), הכוונה לשוגונות. ה"האן" היו הנחלות שנשלטו על ידי הדאימיו. היו אלה וסאלים שהחזיקו באדמות שהועברו בירושה, וסיפקו שירותים צבאיים ומתנות לאדוניהם. כול דאמיו היה לכאורה עצמאי וארגן את ממשלת ההאן כדוגמת הממשלה באדו. בעלי האדמות, הדאימיו, החזיקו בנחלות משלהם, בהן החילו את חוקיהם, מדיניותם ואף הפעילו מערכת מיסוי שונה, כאשר הדאימיו הגדול מכולם היה השוגון. השוגונות החזיקה בסמכות לבטל, לספח ולהחליף נחלות.

מחשש למרידה, עשה השוגון מאמצים להגביל את כוחם של הדאמיו ולפקח עליהם.

1.       לכל דאימיו היה מותר לבנות מבצר אחד בלבד

2.       לכל דאימיו היו הגבלות לגבי מספר הסמוראים שברשותו.

3.       אסור היה לדאימיו להפגש עם דאימיו אחר ללא אישור

4.       כל נישואים של דאימיו היו צריכים אישור של השוגון

5.       היה עליהם לדווח כל דבר

מספר ההאן (בערך 250) השתנה במהלך תקופת אדו. הם דורגו לפי גודל, שנקבע על-פי כמות הקוקו (koku) המיוצר כל שנה בנחלה. קוֹקוּ אחד הוא כמות האורז הנצרכת על ידי אדם בוגר אחד במשך שנה. הכמות המינימאלית לדאימיו הייתה 10,000 קוקו, כאשר הגדולה מכולן, מלבד השוגון, מנתה מיליון קוקו.

כדי לחזק את הפיקוח, הופעלה ב-1635 שיטת הסנקין קוטאי  (Sankin kōtai = 参勤交代), ולפיה כל דאימיו, חייב  מדי שנתיים, לעזוב את נחלתו ולהתגורר באדו, לשירות השוגון. בזמן היעדרותם מאדו, נדרשו הדאימיו להשאיר כבני ערובה את בני משפחתם. העול הכספי הכבד שהיוותה מדיניות זו אפשר את הפחתת כוחם של ההאן, ושמירה על נאמנות לשוגון.

הדאימיו היו צריכים לחלק את זמנם בין אדו לנחלה שלהם. הדאימיו היה צריך לבלות בלי המשפחה שלהם לתקופות ארוכות.  הדאמיו היו צריכים להיות כל הזמן ניידים – חלשים!

לכל דאמיו נקבע לוח זמנים מדוייק – מתי יוצא ומתי מגיע, ולכן הדאמיו ניסו להתחמק לעיתים מהחובות שלהם, ועל כן היו עונשים:

1.       דאמיו שניסה למרוד – עונש מוות

2.       דאמיו שסרח, איבד את נחלתו.

היו מחסומי דרכים ביפן כדי למנוע מהדאימיו להבריח את המשפחה שלו החוצה.

היד הקשה בה נהגו בדאימיו נשאה תוצאות: עד אמצע המאה ה- 19 לא העז אף דאימיו למרוד בשוגון, גם אם היה קטין או חלש.

צאצאיו של אייאסו המשיכו לשמר את הנאמנות על ידי מיסוד היררכיה בתוך מעמד הסמוראים, על-פי נאמנותם לשוגון. הראשונים היו גוסאנקה (gosanke), "שלוש המשפחות המכובדות", שהיו צאצאי בניו הצעירים של טוקוגאווה אייאסו, והיו יכולים לרשת את השוגון אם הענף הראשי לא העמיד יורש. שימפאן (Shimpan) היו דאימיו מידיים וקרובי משפחה של טוקוגאווה, פודאי (Fudai), שהיו נאמנים לטוקוגאווה לפני קרב סקיגהארה, וטוזאמה (Tozama) היו דאימיו שקיבלו את מרותו של טוקוגאווה אייאסו לאחר קרב סקיגהארה. אמנם, בתחילת תקופת אדו ראתה השוגונות את הטאזומה כפחות נאמנים יחסית, אך עם הזמן, בעקבות נישואים אסטרטגיים והתחזקות שיטת הממשל, פחתו הסיכויים למרידה. בסופו של דבר, היו אלה הטוזאמה הגדולים, טוסה, צ'ושו וסצומה, ובמידה פחותה היזן, שהביאו לנפילת השוגונות. ארבע נחלות אלה נקראו "ארבע נחלות המערב".

הדאימיו שאבותיהם קיבלו את מרותו של אייאסו לאחר קרב סקיגהארה, השתייכו לקטיגוריה הרביעית – "האדונים החיצוניים" (טוזאמה). לרוב היו דאימיו בעלי נחלות גדולות באזורים מרוחקים. הם נהנו מיוקרה רבה, אך לא שותפו במועצות השלטון באדו.

בגלל מיקומם, הוטל על מספר אדונים חיצוניים תפקיד של הרחבת הגבולות וקיום קשרי חוץ. בשנת 1609 הרשה אייאסו לשימאזו, הדאימיו של סאצומה, לכבוש את איי ריוקיו (אוקינאווה). איים אלה היו ממלכה בחסות סין ולאחר הכיבוש הפך מלכם לווסאל של סאצומה. מלכי ריוקיו סחרו עם סין, עם יפן ועם סאצומה, ובכך תרמו ליפן מכל וכל (קני סוכר, בטאטה, שאמיסן, וקראטה).

האי אזו (הוקאידו), שבקצה הצפוני של הממלכה הוענק למשפחת מצומאה, שכבשה את כולו ב- 1669 וגם איים סמוכים. התושבים שם היו שבטי האיינו, שהיו שונים מהיפנים ודומים יותר לשבטים הסיביריים בדת, בשפה ובמנהגים (עד היום). הם התנגדו לשלטון היפני, ונלחמו בו 100 שנים. ב- 1789 דוכאו סופית.

לאיי הצפון חשיבות ביטחונית כי הם חוסמים את התפשטות האימפריה הרוסית. בנוסף קר באזור מכדי לגדל אורז, והוא סיפק ליפן דגים ועצים. לכן היפנים עודדו התיישבות דייגים באיזור שיחזקו את האחיזה היפנית בשטחי הספר.

הקשרים עם קוריאה נוהלו על ידי משפחת סו – הדאימיו של האי הקטן צושימה. הסחר עם קוריאה באמצעות צושימה, התפתח למימדים גדולים, ומידי שנה פקדו את קוריאה כ- 50 אוניות יפניות. לאנשי צושימה הותר לקיים תחנת מסחר ומפעל לייצור קרמיקה בנמל פוסאן בקוריאה. זה היה צעד חריג. מלכי קוריאה רצו יחסים טובים עם יפן – חששו מפלישתם, ולכן מ- 1605 שלחו משלחות גדולות לאדו, לברך כל שוגון חדש. הדאימיו של צושימה היה מלווה של המשלחות (מראה על מעמדו הגבוה). קוריאה היתה המדינה היחידה שיפן קיימה איתה יחסים דיפלומטיים במשך תקופת טוקוגאווה. קוריאה ראתה את עצמה כבעלת מעמד שווה ליפן, והיתה מדינת חסות של סין. על ידי המשלחות רצו לבסס את עצמאותם כלפי סין. השוגונים, לעומת זאת, לא שיגרו משלחות דומות לסיאול. חלק מהיפנים ראו בכך הכרה קוריאנית בעליונותה של יפן.

הרוֹג'וּ (rōjū 老中) הייתה "מועצת זקנים" שהורכבה מסמוראים בכירים בזמן שהותם באדו. הם פיקחו על רשויות שונות, דאגו לקשרים עם חצר הקיסרות בקיוטו, האצולה, המקדשים הבודהיסטים והמקדשים השינטואיסטים, ועסקו בנושאים כגון חלוקת נחלות. לרוב, ארבעה או חמישה גברים כיהנו במועצה, כאשר אחד היה מנהיג המועצה, על-פי סבב שהתחלף אחת לחודש. הם נועדו בעיקר בנושאים בעלי חשיבות. [לימים, ברפורמות הניהוליות של 1867, בוטלה המועצה לטובת שיטה ביורוקרטית, המורכבת משרים שונים האמונים על נושאי הפנים, הכלכלה, יחסי חוץ, צבא וחיל ים]. באופן עקרוני, דרישות הקבלה לרוג'ו היו להיות פודאי (תואר שעבר בירושה) ולהיות בעל נחלה בגודל של 50,000 קוקו או יותר. עם זאת, היו יוצאי דופן לשתי הדרישות, ולעתים היו ממונים למועצה קרובים לשוגון, שלא עמדו בדרישות.

הואקאדושיורי, "מועצת הזקנים הצעירים", היו בעלי המעמד הגבוה ביותר אחרי הרוג'ו. התפתחות של מוסד קדום יותר שמנה שישה אנשים, ב-1662 קיבלה המועצה את שמה וצורתה הסופית, ומנתה ארבעה אנשים. תפקידה העיקרי היה ניהול האדמות והווסאלים הישירים של השוגון.

היו שוגונים שמינו אדם קרוב לתפקיד סובה יונין (soba yōnin), שתפקידו היה לקשר בין השוגון לרוג'ו. חשיבותו של אדם זה גבר במהלך כהונתו של השוגון החמישי, טוקוגאווה טסונאיושי, כאשר נרצח מנהיג המועצה על ידי חבר אחר.

האומצוקה (ōmetsuke) והמצוקה (metsuke) היו קצינים שדיווחו לרוג'ו ולואקאדושיורי. חמשת האומצוקה היו אחראים על המעקב אחר הדאימיו, האצולה והחצר הקיסרית. הם היו אחראים על חשיפת כל איום או ניסיון מרד. תפקיד זה היה מיועד לקצינים הבכירים של השוגון בעלי דירוג של 5000 קוקו ומעלה. על-מנת להסמיך אותם לטפל בדאימיו, לעתים קרובות היו מקבלים דירוג של 10,000 קוקו, ואת התואר קאמי (תואר עתיק שנהג לסמל מושל מחוז). עם הזמן, הפך האומצוקה למעביר פקודות השוגון אל הדאימיו, ומנהל הטקסים בטירת אדו. הם אף נטלו לעצמם תפקידים נוספים כגון ניהול ענייני דת ופיקוח על נשק.

המצוקה, שדיווחו לואקאדושיורי, ניהלו את ענייני הוסאלים הישירים של השוגון. הם היוו את כוח המשטרה של אלפי הקצינים והאיכרים שהיו תחת שלטונו הישיר של השוגון, באדו.

הסאן בוגיו (san-bugyō), "שלושה מנהלים", היו ג'ישה (jisha), קנג'ו (kanjō) ומאצ'י בוגיו (machi bugyō), כאשר לראשון המעמד הגבוה ביותר. הם דאגו לניהול המקדשים הבודהיסטים (ji) ומקדשי השינטו (sha), אשר רבים מהם החזיקו בנחלה. לעתים הם גם שפטו בתביעות בין נחלות. המינוי היה הולך בדרך כלל לדאימיו.

הקנג'ו היו הבאים בתור במעמד. ארבעת המכהנים בתפקיד זה דיווחו לרוג'ו. הם היו אמונים על כלכלת השוגונות.

המאצ'י בוגיו היו אחראים על מנהלת העיר אדו. תפקידיהם כללו את משרת ראש העיר, מפקד המשטרה (ולאחר מכן גם מפקד כוחות הכיבוי) ושופט בענייני פלילים, שלא נגעו לסמוראים. שני קצינים בכירים כיהנו במשרה זו, והתחלפו מדי חודש.

שלושת הסאן בוגיו ישבו יחד במועצה שנקראה היוג'ושו (hyōjōsho) ,שתפקידה היה לפקח על הטנריו (tenryō), הגונדאי (gundai) והדאיקן (daikan) (ראה להלן), וכמו כן, לפסוק בעניינים הנוגעים לסמוראים.

השוגון שלט באופן ישיר במספר נחלות ברחבי יפן. אלו היו ידועות בשם באקופו צ'וקאצוצ'י (bakufu chokkatsuchi). מתקופת מייג'י הן קיבלו את השם "טנריו". בנוסף לשטחים בהם החזיק טוקוגאווה אייאסו לפני קרב סקיגהארה, היו שטחים אלה נחלות שסיפח לעצמו באותו קרב, ובעת המצור על טירת אוסקה. בסוף המאה ה-17 הגיע היקף אדמות השוגון לכ-4 מיליון קוקו. ערים גדולות כמו נגסקי ואוסקה, כמו כן מכרות שונים, ביניהם מכרה הזהב באי סאדו, נכנסו לקטגוריה זו.

במקום למנות דאימיו לכל נחלה, הציב בשוגון מינהל כללי לכל הנחלות. התארים של אחראים אלה היו גונדאי ודאיקן. לשליטה על נחלות אוסקה, קיוטו, נגסאקי וסומפו מונו קצינים בכירים של השוגון.

כדי למנוע הישנות תוהו ובוהו פוליטי כפי ששרר ביפן במשך מאות שנים, הנהיגו אייאסו ובניו חלוקה מעמדית נוקשה, בה כל אדם נשאר במעמד שבו נולד. אימצו את המבנה החברתי של סין, שהיה מורכב מארבעה מעמדות עיקריים, לפי סדר חשיבותם:

·                          פקידי הרשות = שי (Shi)

·                          איכרים = נו (No)

·                          בעלי מלאכה  = קו (Ko).

·                          סוחרים = שו (Sho)

לעומת סין, שבה היו מעמדות פתוחים, המעמדות ביפן היו סגורים ותורשתיים. החלוקה החדה ביותר היתה בין הסמוראים – המעמד העליון, השליט (לוחמים), לבין האנשים הפשוטים – הימין. נישואים בין הסמוראים ללא סמוראים היו אסורים.

האיכרים, שהיו רוב האוכלוסייה, דורגו במקום השני כי היו יצרני המזון. גם באירופה ובסין ראו בחקלאות פעילות מכובדת יותר מן המלאכה והמסחר.

צ'ונין – אנשי העיר, בעלי מלאכה וסוחרים שגרו בעיר, היו למעמד אחד.

. הסמוראים שהיוו 6% מהאוכלוסייה, היו אנשי צבא נושאי חרב, והיה להם המונופול על הכוח הצבאי והמנהל האזרחי. הם נהנו מזכויות יתר רבות, כגון: נשיאת 2 חרבות, לבישת בגדי משי, רכיבה על סוסים, להינשא באפריון, ולגור סמוך לטירת השוגון או הדאימיו. היתה להם שליטה מוחלטת על פשוטי העם.

עם זאת, גם על הסמוראים הוטלו הגבלות שונות. הם נותקו מאדמותיהם ורוכזו בערי מבצר. הוענקה להם קצבת מחייה באורז, בהתאם לדרגתם ותפקידם. נאסר עליהם לעסוק בחקלאות, מלאכה ומסחר. מכיוון שלא היו מלחמות, עיסוקם הצבאי היה פאסיבי – שמירת החוק והסדר, ומניעת מרידות. אולם לעומת זאת, תפקידיהם האזרחיים התפתחו: מושלים, שופטים, גובי מס, נציבי ערים ולבלרים.

כך איבדו הסמוראים את עצמאותם הכלכלית והפכו ממעמד של לוחמים בעלי רכוש למעמד של פקידים שכירים נושאי חרב. זה דרש שינוי ערכים: היה על הסמוראים לסגל לעצמם נורמות של עלית ביורוקרטית. ערכי הלוחם טופחו ויושמו לצרכים חדשים. החשוב שבהם היה ערך המשמעת. בעבר היה על הסמוראים לציית לאדונם ולהיות נכונים למות למענו. עכשיו היה עליהם לציית למערכת שלטונית (שוגון או דאימיו). זאת היתה ראשית הנאמנות המופשטת למדינה ולחוקיה. המשמעת חלחלה גם לשכבות החברתיות האחרות, וכך הפכה כל החברה היפנית לצייתנית וממושמעת בתקופת טוקוגאווה.

החוק והמשפט בתקופת טוקוגאווה שיקפו את המשטר החברתי. לא היתה הפרדת רשויות: הרשות המבצעת היתה גם המחוקקת וגם השופטת. הדאימיו, נציגי השוגון ונציבי הערים היו גם ראשי המשטרה וגם שופטים. החשוד בעבירה נכלא עד למשפטו. עינו אותו ע"מ לקבל הודאה באשמה. המשפט לא היה פומבי, לנאשם לא היתה זכות לסנגור, ופסק הדין לא ניתן לערעור. במקרים של עבירות קלות: לא היו עונשי מאסר, אלא מלקות, קנסות או חריטות של כתובות קעקע. סמוראים – מעצר בית, גלות, או הענשה עצמית בפרישה למנזר.

על עבירות קשות, כגון: רצח, שוד, הצתה, תקיפת הורים וניאוף, העונש היה בדרך כלל  מוות. פשוטי העם נערפו או נצלבו, ואילו לסמוראים ניתנה אפשרות לבצע הראקירי. קרה שגם איכרים ועירונים התאבדו כדי לחסוך מעצמם את ההשפלה, וכך השתרש העיקרון שהענשה עצמית עדיפה על ענישה חיצונית, וכך זוכים להכרה ציבורית.

ההשכלה היתה חיונית למילוי תפקידים ולטיפוח יוקרתם של הסמוראים. היפנים העניקו השכלה למעמד השליט, לעומת הסינים שמינו משכילים למשרות ממשלתיות.

ב- 1615 פרסם אייאסו תקנון לאנשי הצבא, ובו קבע את כללי התנהגותם. מטרת החינוך הסמוראי היתה לעצב לסמוראים אישיות של לוחם ואיש מנהל משכיל, המצטיין בחוכמה (צ'י), במוסר (ג'ין) ובגבורה (יו).  מטרת התקנון היתה לשמור על אורח החיים הספרטני של הסמוראים, ולמנוע מהם פריקת עול וחתירה תחת אושיות השלטון.

כל הסמוראים בתקופת טוקוגאווה קיבלו השכלה, ואפילו הבנות למדו קרוא וכתוב. ב- 1608 הביא אייאסו את היאשי רזאן – מלומד קונפוציאני ששימש מורה  לבני משפחתו, ויועץ לשוגון בענייני חקיקה, טקסים, התכתבות ורישום. תפקיד זה הפך תורשתי במשפחתו של היאשי. ב- 1630 נוסדה מכללה ללימודים קונפוציאניים, והיתה למוסד החינוכי הגבוה לסמוראים.

בתקופת טוקוגאווה פחת העניין בנשק חם, כי לא היה בו שימוש. לירי לא היה ערך אסטטי, ולכן רוב הסמוראים לא למדו אותו. בתי מלאכה לרובים ותותחים הלכו ונסגרו. מקצועות הלחימה הפכו לאומנויות הלחימה, שעיקרן היה ריכוז נפשי וביצוע מושלם.

האיכרים היוו כ- 80% מהאוכלוסייה. הם היו המעמד השני בחשיבותו, אך ההגבלות עליהם היו חמורות. הם בתנאים קשים מאוד, מבלי אפשרות לעזוב את הכפר, מחויבים לגדל אורז, לשלם מיסים, ולעבוד עבודות כפייה. א

לעיתים, כאשר עול המס הפך בלתי נסבל, התקוממו האיכרים. מרידות אלה דוכאו באכזריות על ידי הסמוראים, אך לפעמים נאלצו השלטונות להתפשר ולהקל בנטל המס. במקרים אחרים, ברחו לערים למצוא פרנסה בעיר .

הצמדת האיכרים לקרקע יצרה בעיה של הצטופפות יתר על שטח חקלאי מוגבל. הבן הבכור ירש את המשק החקלאי, והבנים הצעירים נאלצו להגר אל העיר, מפאת חוסר תעסוקה בכפר. כל עוד לא פגעה הגירה זו בתפוקה החקלאית, השלטונות העלימו ממנה עין. בנוסף נקטו האיכרים בשיטות לצמצום הריבוי הטבעי, בעיקר "דלדול" של תינוקות ממין נקבה, שנחשבו למעמסה כבדה, בעוד שההשקעה בבנים היתה כדאית, כי יום אחד ירשו את הוריהם ויטפלו בהם.

למרות התנאים הקשים בכפר, השתפר מצבם הכלכלי של איכרים רבים. הגברת התפוקה החקלאית היתה אינטרס גם של השוגון, גם של הדאימיו וגם של האיכרים. עידוד החקלאות הבטיח לדאימיו יותר מסים, והוא נעשה על ידי: הרחבת שטחי העבודה, בניית סכרים למניעת שיטפונות, ניקוז ביצות, מערכות השקיה חדשות, הרחבת שימוש בבהמות עבודה, השבחת הזנים, דישון אינטנסיבי ושיפורים טכנולוגיים בעבודה החקלאית. כתוצאה מכך התפוקה החקלאית הוכפלה במאה ה-17. הגידול בייצור המזון הביא להאצת הריבוי הטבעי (האוכלוסייה הכפילה עצמה) עד אמצע המאה ה- 19, כאשר התפוקה לא יכלה לגדול יותר.

בכפרים הסמוכים לערים היתה התפתחות מאסיבית. שם, פרט למזון, ייצרו גם חומרי גלם לתעשייה (משי, כותנה, טבק, תה, סומסום ופולי סויה). בנוסף קמו תעשיות-בית (טווייה, אריגה, צביעת בדים, זיקוק יין וייצור נייר), והוקמו פונדקים לאורך הדרכים. ענף הדייג גם-כן התפתח מאוד. עליית רמת החיים בעיר הגדילה את הביקוש לדגים, אצות ועוד. התפתח גם ציד הלווייתנים. הכפרים בהרים התפרנסו ממכירת עץ ומציד ארנבות ועופות. מעמדם החברתי של הדייגים ושל הציידים היה נמוך ממעמדם של מגדלי האורז, מאחר שהרג נחשב מטמא.

בתוך הכפר יכלו האיכרים לקנות ולמכור אדמות, לכן היו איכרים עשירים, עניים ומחוסרי קרקע שעבדו כשכירים. הם היו פטורים משירות צבאי,  אך חלק מהם היו ממוצא סמוראי, כך שנוצרו "הסמוראים הכפריים" (גושי). הם נשאו 2 חרבות, מילאו תפקידים שונים של שיטור, והשתייכו לעלית הכפרית.

האיכרים יכלו לעזוב את הכפר רק לצורכי קניות, מכירות ובילויים בעיר, או לעלייה לרגל ולמעיינות החמים לצורך ריפוי. עליות המוניות לרגל התפתחו בתקופת טוקוגאווה, למקדש של אלת השמש באיסה, למקדש מיאג'ימה ליד הירושימה, למקדש קוטוהירה בשיקוקו ולקבר אייאסו בניקו. כך התפתחה תיירות הפנים בעוד שהחוץ היתה אסורה לחלוטין.

במהלכה של תקופת אדו חלו ביפן התפתחויות כלכליות רבות. בין התפתחויות אלו ניתן למנות את התפתחות הערים, פיתוח רשת ענפה למשלוח סחורות בתוך המדינה והקמת שכבת תעשייה זעירה.

ההתפתחות המרשימה ביותר בתקופה הזו הייתה התפתחותן של הערים; הודות לריכוז מוסדות השלטון ומושב הסמוראים. אדו באותה תקופה, הפכה לעיר הגדולה בעולם, כשאוכלוסייתה מונה כמיליון נפש. בשנת 1700 היא הייתה העיר הגדולה ביותר בעולם. בעוד שאוסקה וקיוטו מונות כל אחת כ-400,000 נפש. ערי-טירה רבות נוספות חוו גם הן גידול משמעותי במספר תושביהן. למעשה, כמעט כל הערים הגדולות ביפן של היום היו מרכזים של דאימיו בעבר. בסוף המאה ה- 18 כ- 17% מהיפנים התגוררו בערים, המונות יותר מ- 3000 נפש – שיעור גבוה מזה של סין, ודומה לזה שבמערב אירופה באותה תקופה.

אוסאקה הפכה לבירה המסחרית בגלל מיקומה הגיאוגרפי על צומת דרכי יבשה וים והודות למסחר גדול מאוד באורז מהדרום. קיוטו, שהיתה הבירה הקיסרית, הפכה גם למרכז הטכסטיל. תעשיית המשי של קיוטו שגשגה גם להודות צמצום יבוא המשי מסין.עם השנים הפכו אוסקה ואדו למרכזי סחר ותעשייה לאומיים, כאשר אדו משמשת גם כמרכז הלאומי לאספקת מזון ושאר סחורות עירוניות.

עם הגידול בערים החלה מתפתחת מערכת מפותחת של בנקאות ביפן, ובעקבותיה גם מערכת חקלאית מבוססת שנועדה לתמוך את התפתחותה הכלכלית של הארץ.

תושבי הערים ביו בעיקר סמוראים, בעלי מלאכה וסוחרים. ההבדל בין הסוחרים לבעלי המלאכה לא היה גדול, כי גם בעלי מלאכה היו סוג של סוחרים. למרות שהיו מעמד נמוך היה להם לעיתים הרבה מאוד כסף, לפעמים הרבה יותר מזה של הסמוראים.

בעלי המלאכה עבדו בעיקר בעץ, חרסינה, טוויה ונייר. במאה ה- 17 התפתחה שיטת היוזן המיוחדת, לצביעת בדים. חל שכלול טכנולוגי גדול בענף החרסינה, ובייצור כלי הלכה. היו סוחרים קטנים וסוחרים גדולים,

הערים היו מחוברות בדרכים יבשתיות וגם ימיות (נהרות). השיירות התכופות של הדאימיו הביאו לפיתוח רשת דרכים מאדו לשאר חלקי הארץ. הדרכים היו מסודרות מאוד וכבושות ולאורכן הוצבו תמרורים. הדרך המפורסמת ביותר הייתה טוקידו – מקיוטו לאדו (488 ק"מ) – מהבירה של השוגון לבירה של הקיסר. סחורות הובלו על גב סוסים ושוורים, אח"מים נישאו באפריון, סמוראים רכבו על סוסים ופשוטי העם הלכו ברגל. חציית הנהרות נעשתה בספינות מעבורת או ברגל. באזורים רדודים היו גם סבלים שהעבירו הולכי רגל על גבם. לאורך הדרכים ניטעו עצים, הוקמו פונדקי דרך, הוצבו תמרורים (ביניהם כאלה המראים על המרחק מאדו). שיירות הדאימיו היו ענקיות וססגוניות, וכל עובר אורח שנתקל בהן היה צריך לפנות לה את הדרך, וליפול אפיים ארצה ולהשתחוות.

השוגון קיימו מערכת של "רגלים מעופפות" (היקיאקו) להעברת מכתבים רשמיים. הדואר עבר מאדו לקיוטו תוך 3 ימים וכך התאפשרה זרימה מהירה של מידע אל הבירה וממנה.

מן הגאות הכלכלית שבעקבות השלום הממושך נהנה בעיק רמעמד הסוחרים, שמצבו השתפר בעיקר על חשבון הסמוראים והאיכרים, דבר שנגד את האידיאולוגיה הרשמית, שהציבה את האיכר במעמד גבוה משל הסוחר. במאה ה- 18 הצטמצם סחר החוץ עקב הידלדלות רזרבות הכסף והנחושת. ב- 1715 הוגבלו הסוחרים הסיניים ל- 30 ספינות וההולנדים ל- 2 אוניות בשנה. ב- 1746 הותר לסינים להכניס רק 10 ספינות, וב- 1790 הותר להולנדים להכניס רק ספינה אחת בשנה. לעומת זאת חלה התפתחות בסחר הפנים. השוגון והדאימיו טיפחו את הסוחרים שלהם כדי להעשיר את נחלתם. לבעלי מלאכה ולסוחרים הוענקו זכויות יתר בכל האן. תמורת המונופול שקיבלו, העניקו לשוגון ולדאימיו מתנות וסכומי כסף. תחילה, המטבע העובר לסוחר היה אורז, אך עם הזמן התפתחו מטבעות. לכל האן היה מטבע משלו, לא היה מטבע יפני אחיד. זה הביא להופעתם של חלפנים (ריוגאה), שהיו כמו בנק ואפילו היו להם סניפים בערים. ב- 1603 התגלה מכרה זהב באי סדו, וזה אפשר לממשלת השוגון לטבוע מטבעות זהב גדולים (אובן) וקטנים (קובן), בנוסף למטבעות הנחושת והברזל הקטנים (זני). כמו כן, התפתחו  מוסדות פיננסיים של הלוואות ובתי עבוט.

אף שהסוחרים ובעלי המלאכה נחשבו נחותים, כוחם הכלכלי הלך וגדל, וכל שאר המעמדות נזקקו להם. הדוגמא הבולטת היתה משפחת מיצואי, שהחלה דרכה בחנות אורז קטנה באיסה. ב- 1620 הורחבה החנות לבית מבשל ליין-אורז, נפתח בית-משכון לעולי הרגל לאיסה ובעקבות זאת החלה מכירת בגדים (שהיו החפץ העיקרי במשכון). ב- 1673 עבר אבי המשפחה לאדו, ושם פתח את חנות הכל-בו הראשונה ביפן – אצ'יגויה. חנות נוספת כזו נפתחה בקיוטו, ובעקבות הרווחים, פתחה המשפחה משרדי חלפנות באדו, בקיוטו ובאוסאקה. בסוף המאה ה- 17 הפכה משפחת מיצואי לסוכנת הכספית של השוגון ושל הקיסר, וכך החזיקה חלק מכספם וניהלה את רוב עסקיהם.

הסוחרים ובעלי המלאכה שכנו במקומות פחות נוחים מאשר הסמוראים, גם אם התעשרו יותר מהם (לרוב היו הכנסות הסמוראים נמוכות יותר). וכך אסור היה עליהם להפגין את עושרם ע"מ שלא לנקר את עיני הסמוראים. לכן החלו לעשות הכל צנוע כלפי חוץ, ומפואר כלפי פנים, למשל בגדים מרופדי משי ובתים פשוטים מבחוץ ומפוארים מבפנים.

הבורגנים לא שותפו בשלטון ולא היה להם כוח פוליטי. הם לא ניסו להתמרד משום שהיה להם מונופול משלהם על המלאכה ועל המסחר, כשם שלסמוראים היה מונופול על הצבא ועל המנהל ולאיכרים היה מונופול על גידול המזון. בנוסף לא הוטלו עליהם מסים כבדים כמו על האיכרים, מה גם שלא היתה להם אידיאולוגיה שוויונית ומהפכנית. על פי המסורת הקונפוציאנית ההרמוניה החברתית היא ערך עליון.

מעל החלוקה המעמדית ניצבו הקיסר ומשפחתו, והאצולה הישנה בקיוטו. אלו נהנו מיוקרה רבה, אך גם עליהם היה פיקוח רב, והוטלו מגבלות. עיסוקם החשוב ביותר היה טיפוח הלימודים והאמנויות.

אנשי הדת ובעלי המקצועות החופשיים גם כן היו מחוץ לחלוקה המעמדית. סמוראי שרצה לעזוב את תפקידו יכול היה להיהפך לנזיר, לכהן-דת, לרופא או למורה, אם קיבל רשות. דרגות הכמורה שיקפו גם הם מעמד חברתי: נסיכים ממשפחת הקיסר שירתו ככוהנים ראשיים במקדשים השינטואיסטים והבודהיסטים הגדולים, סמוראים מילאו תפקידים בכירים במקדשים ובמנזרים ופשוטי העם שימשו ככמרים וכנזירים זוטרים.

מתחת לארבעת המעמדות העיקריים, היו קבוצות בזויות שונות. הגדול שבהם היה מעמד האֶטָה: אנשים שעסקו בניקוי בורות שופכין, שחיטת בהמות, עיבוד עורות, הוצאה להורג ושריפת גוויות. העוסקים במלאכות אלה נחשבו טמאים ואסורים עפ"י השינטו. בנוסף היו סבלים, נושאי אפיריונים, מנקי רחובות וקברנים. הם גרו בשכונות נפרדות בשולי הערים. הם מנו כ- 2% מכלל האוכלוסייה.

ההינין ("לא בני אדם") היו זונות, מוקיונים, בדרנים ושחקני תיאטרון – התפרנסות בלתי מכובדת, אך מעוררת עניין.

הסנקה ("אנשי המערות") היו נוודים שעסקו בדיג ובקליעת סלים, והתגוררו בהרים ועל גדות נהרות.

קבוצה בזויה נוספת היתה אנשי העולם התחתון (היאקוזה). השלטונות העלימו עין מפשעים קלים, כמו הימורים וגביית דמי-חסות, אך ניהלה מלחמות קשות בעבירות כמו גנבה, רצח והצתה.

במהלך התקופה החלו היפנים גם ללמוד בהדרגה את סודות המדע האירופאי, וזאת דרך ספרים שהגיעו ליפן עם הסוחרים ההולנדיים. לצד "הלימודים הלאומים" (קוּקוּגָאקוּ) שגשגה גם "השכלה הולנדית" או רָנגאקוּ). התחומים אותם חקרו היפנים כללו גיאוגרפיה, רוקחות, מדעי הטבע, אסטרונומיה, אמנות, שפות, תופעות פיסיקליות (כגון חשמל) ומכאניקה.

למרות שליפן הייתה היכולת לפתח את הידע שרכשה לעצמה, ההתפתחות המואצת של התעשייה במערב בזמן המהפכה התעשייתית במאה ה-18, יצרה לראשונה פער יכולות גדול בין יפן למערב, פער שהתבטא בעיקר בנחיתותם של הטכנולוגיה וכלי הנשק היפניים מול אלה המערביים, ואשר לא התקיים בתחילתה של תקופת אדו. פער טכנולוגי זה היה אחד הגורמים שהביאו להפסקת ההתבודדות היפנית בסופה של תקופת אדו.

בעוד שבתקופת נארה והיאן היתה ההשכלה נחלתם של האצילים והכמרים ובתקופת קמקורה ואשיקאגה היא כבר התפשטה בקרב הסמוראים, הרי שבתקופת טוקוגאווה הפכה לנחלתם של רבים מהעירונים והאיכרים. ידיעת קרוא וכתוב היתה חיונית והעניקה יוקרה לסוחרים, לבעלי המלאכה ולאיכרים האמידים.

השלטונות לא סיפקו להם חינוך, לכן הוקמו בתי ספר פרטיים ללימוד קרוא וכתוב וחשבון. בתי ספר אלה שהתקיימו במקדשים, היו חילוניים ונקראו טרקויה. המורים היו כמרים, סמוראים ונשים. שכר הלימוד לא היה קבוע: ההורים העניקו מתנות למורים במוצרי מזון או בשירותים מסוימים, וילדים ממשפחות עניות עבדו בבית המורה כמשרתים כצורה של שכר לימוד.בבית ספר היו בין 30 ל- 60 תלמידים, לרוב בנים. חוברו מקראות שכללו חומר דידקטי בענייני עבודה, מוסר ונימוסים, וחשבון נלמד באמצעות הסורובאן. המורה היה עובר בין התלמידים ומדריך כל אחד בנפרד. משך הלימודים לא היה אחיד: הילדים החלו בגיל 6 או 7 והלימודים נמשכו בין שנתיים ל- 5 שנים. בתקופות של עבודה, ובחודשים חמים או קרים במיוחד בית הספר היה נסגר.

אף שהטרקויה נועדו לבני המעמדות הנמוכים, למדו בהם גם בני הסמוראים שלא מצאו להם מורה פרטי. האנים שונים הקימו בתי ספר ציבוריים – גוגאקו, לילדי סמוראים ומשפחות אמידות משאר המעמדות. החינוך המקצועי ניתן במקומות העבודה. לאחר הטרקויה נשלחו ילדי הסוחרים ובעלי המלאכה לשמש שוליות בבתי מלאכה ובחנויות. עובד מצטיין יכל להתקדם בדרגה, להפוך למנהל ואף לשאת את בתו של בעל-הבית, להיות מאומץ על-ידו ולרשת את העסק.

הידע המקצועי נשמר בסוד ועבר בירושה, תוך כדי הכנסת שיפורים בכל דור. החתירה להתמחות ולשכלול הביאה להתפתחות אסכולות רבות בכל תחום והגבירה את הגאווה המקצועית.